Die Ideologie des schiitischen Islamismus wurde maßgeblich durch Ayatollah Khomeini geschaffen. Durch die von Khomeini angeführte "islamische Revolution" in Iran 1979 und die sich anschließende Herrschaft der Mullahs, übte diese Variante des Islamismus auch einen starken Einfluss auf einige andere islamistische Gruppierungen aus. Im Wesentlichen blieb aber Khomeinis spezifisch schiitische Variante zur Begründung islamistischer Herrschaft auf Iran, den Libanon und seit 2003 auch den Irak beschränkt.

Die politische Macht darf nach Khomeinis Modell nur von religiösen Gelehrten ausgeübt werden. Allein sie seien fähig, die religiösen Gebote richtig auszulegen und anzuwenden. An der Spitze der Hierarchie steht demnach der "Revolutionsführer", dem alle anderen schiitischen Geistlichen Gefolgschaft zu leisten haben. Damit änderte Khomeini eine wichtige Tradition des schiitischen Islam, nämlich die der Gleichwertigkeit innerhalb der Rangstufen der Gelehrten. An ihre Stelle setzte er eine klare Hierarchie, an deren Spitze er selbst stand. Hierbei kam ihm zugute, dass er selbst als Ayatollah innerhalb der schiitischen Geistlichkeit den höchsten theologischen Rang inne hatte. Dies sicherte ihm den Respekt und die Loyalität anderer Geistlicher.

Mit dem Konzept der "Statthalterschaft der Rechtsgelehrten" veränderte Khomeini die Stellung der schiitischen Geistlichkeit in der Gesellschaft entscheidend. Diese hatte sich zwar auch schon früher gelegentlich zu politischen Themen geäußert, jedoch nicht die Herrschaft über den Staat beansprucht. Die schiitische Geistlichkeit war vor allem für die Einhaltung des islamischen Rechts verantwortlich. In die weltliche Herrschaft mischte sie sich nicht ein. Diese klare Trennung von geistlicher und weltlicher Macht wurde durch die Lehre Ayatollah Khomeinis von der "Statthalterschaft der Rechtsgelehrten" beendet. Wie auch die ‘Muslimbruderschaft' forderte Khomeini die Rückbesinnung auf die Ursprünge des Islams. So sollte die politische, wirtschaftliche und kulturelle Schwäche der islamischen Welt überwunden werden, für die er die europäischen Kolonial- und Großmächte sowie die USA verantwortlich machte.

Die sunnitischen islamistischen Gruppierungen haben das in Iran praktizierte Modell von der "Statthalterschaft der Rechtsgelehrten" in ihre Theorien vom "islamischen Staat" meist nicht übernommen.